Кроме атмосферных осадков, Хунцзэху получает водные пополнения главным образом от своих западных соседей – Хуайхэ, Суйхэ, Бяньхэ и Аньхэ. Среди этих притоков крупнейшим является Хуайхэ. Максимальная скорость стокового течения из Хуайхэ в озеро – 26,5 тысяч кубометров в секунду. Он же служит главным источником водных пополнений для озера Хунцзэху. Водоотводящими проходами являются Саньхэ, Северо-Цзянсуский ирригационный канал и Эрхэ, из них первые две реки являются главными водными проходами, впадающими в Янцзы и море, причем Саньхэ вливается в Янцзы с самым крупным течением.

Хунцзэху расположено в южной части умеренного климатического пояса с полувлажными сезонными ветрами. Здесь климат переходит от субтропического к умеренному. Имеются четкие разграничения между четырьмя сезонами. Обильные дожди. Среднегодовая температура – 14,8°с, осадки – 893,6 мм.

Озеро обладает довольно богатыми ресурсами водных растений, таких как камыш, высокоурожайный лотос, корни лотоса, горгоновый фрукт и водяные каштаны.

Высоко развито также водное хозяйство в районе озера, в массовом порядке производятся селедки, молодь, карп, карась, лещ, скорпионовая рыба, травяной карп, черный карп, толстолобик и рыба «змеиная голова», а также разные креветки, черепахи, ракушки, улитки и другие водные продукты.