На протяжении 1500 лет после завершения строительства комплекса неоднократно случались войны, различные неблагоприятные происшествия природного и антропогенного характера, и юньганские пещеры постепенно приходили в запустение. После образования КНР в 1949 г. Центральное правительство предприиняло крупномасштабные меры по защите и восстановлению пещерного комплекса. В 1955 г. был создан спецорган по защите храма. В 1961 г. Госсовет включил Юньганский комплекс пещер и статуй в список охраняемых государством культурных объектов республиканского значения. В 1965 г. Народное правительство г. Датуна опубликовало и реализовало План мероприятий по определению подлежащих охране объектов Юньганского пещерно-храмового комплекса и их защите. С 1973 по 1976 гг. по инициативе премьера Чжоу Эньлая Правительство Китая ассигновало значительные средства на масштабную реконструкцию и ремонт комплекса. Таким образом было предотвращено неминуемое разрушение многих пещер и статуй, и сейчас они находятся в хорошем состоянии. С началом осуществления политики реформы и открытости, в особенности в течение последних 10 лет, Народное правительство г. Датуна улучшило работу по управлению комплексом, активизировало усилия по защите пещерного храма, выделило значительные ассигнования на снос незаконных сооружений и построек на территории комплекса, озеленение территории и охрану окружающей среды. Эти меры способствовали превращению пещерно-храмового комплекса в ценнейший объект культурного наследия.