В 1901 г. после восстания боксеров цинское правительство по требованию западных держав, участвовавших в подавлении восстания, Главный ямэнь переименовало в Министерство иностранных дел. Железнодорожные дороги теперь перешли под управление Министерства иностранных дел.
Но в подчинении этого министерства железные дороги оставались всего два года. В 1903 году в целях содействия развитию промышленности и торговли цинское правительство создало Министерство коммерции. Железные дороги были переданы Министерству коммерции. В самом начале своего создания Министерство коммерции проявило дух инноваций и предпринимательства. Согласно старым правилам династии Цин в летний сезон все ямэнь начинали работу ранним утром, после обеда сразу заканчивали работу, за исключением Министерства коммерции, которое работало как обычно.
В период нахождения в составе Министерства коммерции на железных дорогах происходили непрерывные изменения. Во-первых, была создана система служащих железных дорог. В прошлом железнодорожное руководство осуществлялось только из центра, но реальная власть по эксплуатации железных дорог находилась в руках местных правителей. В 1906 году Министерство коммерции создало систему служащих в провинциях, которые исполняли функции инспекторов железных дорог. Эти меры привели к укреплению управления местными железными дорогами, заложили основу для централизованного управления железнодорожной отраслью.
Вторым важным вкладом Министерства коммерции стало содействие развитию коммерческой деятельности железной дороги. В последний период династии Цинь ее финансы были в отчаянном положении, не было денег на строительство новых линий. Правительство прибегало к внешним заимствованиям и в результате утрачивало права на железные дороги. После создания Министерства коммерции был обнародован «Краткий устав железных дорог», который стимулировал частные инвестиций в коммерческую деятельность железной дороги. Эта политика в значительной степени способствовала развитию отрасли. Через несколько лет в стране насчитывалось 18 частных железнодорожных компаний. Историки по-разному оценивают этот период. Сторонники такой политики считают, что она способствовала защите национальных прав на железные дороги. Противники этих мер утверждают, что частные железнодорожные компании по сравнению с правительственными не обеспечивали централизованного управления, были менее эффективны, что не способствовало развитию железнодорожной отрасли.
В 1906 году железные дороги вошли в новое Министерство почт. Это министерство было продуктом институциональной реформы в конце династии Цин. Для того чтобы усилить управление железными дорогами, судоходством, почтой и телеграфом цинское правительство создало специальное Министерство почт. В основе создания этого министерства лежала идея «объединения всего транспорта и связи». По сравнению с Министерством коммерции Министерство почт являлось специализированным министерством коммуникаций. В нем было два департамента: дорожная администрация и главное управление железных дорог.
Дорожная администрация отвечала за определение устава железных дорог и вопросы планирования, главное управление железных дорог несло ответственность за административное управление и внешние связи.
Министерство почт открыло еще одну страницу активного строительства. Известная железная дорога Пекин-Чжанцзякоу построена в этот период. В это время был принят устав железных дорог, введены единые технические стандарты, проводилось обучение персонала и др.
