Когда был создан Департамент охраны морского побережья, в Китае существовала только одна самостоятельно построенная железная дорога Таншань - Сюйгэчжуан. Эта железная дорога была построена в 1881 г., являлась очень коротким отрезком дороги для перевозки угля и принадлежала горному управлению. Можно сказать, что Департамент охраны морского побережья управлял железной дорогой номинально, фактически в его руках не было ни одного дюйма железной дороги.
Во время китайско-французской войны в 1884 году Фуцзяньский военно-морской флот был практически полностью уничтожен. После горестных раздумий, цинский двор принял решение о создании Ямэня (министерства) военно-морского флота. Ямэнь военно-морского флота был официально учрежден 14 октября 1885 года.
Цинский министр Ли Хунчжан, которого называют создателем военно-морского флота Китая, считал, что для укрепления охраны морского побережья необходимо больше строить железных дорог, что сделает более удобной и быстрой переброску войск. Таким образом, он предложил, чтобы железные дороги перешли в подчинение Ямэня военно-морского флота. Цинский двор утвердил такое решение. Под руководством Ямэня ВМФ железная дорога Таншань – Сюйгэчжуан была продлена до заставы Шанхайгуань на побережье Бохайского залива. В 1887 году началось строительство тайваньской железной дороги, к 1893 году было построено 99 км дороги от Тайбэя до Синьчжу. В этот период самым большим вкладом Ямэня военно-морского флота в развитие железнодорожного транспорта стало то, что были развеяны сомнения цинского двора по поводу железной дороги, при дворе начали воспринимать идею необходимости железных дорог.
Для этого в 1887 году Ли Хунчжан воспользовался случаем свадьбы императора Гуансюя и специально для императрицы Цыси построил железную дорогу Сиюань (также известную как железная дорога Чжуннаньхай, железная дорога Бэйхай, железная дорога Цзыгуаньгэ). Железная дорога Сиюань на юге начиналась от павильона Цзыгуаньгэ в Чжуннаньхае, через ворота Фухуамэнь, Янцзэмэнь доходила до озера Бэйхай. Вдоль западного берега озера шла на север, затем, повернув на восток, через мост Шицяо доходила до пристани перед Цзинцинчжай. Появление этой железной дороги позволило высшим правителям цинского двора лично соприкоснуться с железной дорогой, изменить свои предубеждения в отношении нового вида транспорта. В 1889 году цинское правительство, наконец, приняло «твердое решение» о строительстве железных дорог.
После китайско-японской войны 1895 года, железные дороги считались частью политики «вестернизации», были постоянно в центре внимания цинского двора и общественности, началась специализация в управлении железными дорогами.
Когда в 1895 году вспыхнула китайско-японская война, Китай потерпел полное поражение. Ямэнь военно-морского флота был упразднен. Железные дороги снова перешли в подчинение Главному ямэню. В 1896 году Главный ямэнь создал генеральную компанию китайских железных дорог под руководством Шэн Сюаньхуая. В 1898 году снова было создано главное управление железных дорог. Генеральная железнодорожная компания отвечала за финансирование строительства железных дорог, главное управление дорог отвечало за разработку стратегии развития, норм и правил. В течение этого периода более профессиональное административное руководство железной дороги и коммерческая компания взаимно дополняли друг друга. Железная дорога переживала период кульминации своего строительства. В это время было построены семь новых линий железной дороги. Но в связи с большими объемами внешних заимствований, цинское правительство утрачивало права на многие линии дорог.
