1 августа 2005 года на судоремонтном заводе «Звездочка» в Северодвинске во время газосварочных работ на утилизировавшейся АПЛ «Щука» произошел пожар. Два человека погибли. Причиной пожара было возгорание паров горюче-смазочных материалов при проведении огневых работ.
8 января 2005 года в акватории Тихого океана в 560 километрах к югу от острова Гуам натолкнулась на скалу и села на мель следовавшая в порт Брисбен (Австралия) в погруженном состоянии атомная подводная лодка «Сан-Франциско» ВС США. На борту лодки находились 137 членов команды. Травмы получили 24 человека, один из них впоследствии скончался. Лодка получила незначительные повреждения.
14 ноября 2004 года в Камчатской области во время проведения плановых работ произошел взрыв на атомной подводной лодке. Из-за неисправности редуктора, регулирующего подачу под давлением воздуха в систему водоснабжения АПЛ, взорвались цистерны. В результате погиб один член экипажа.
30 августа 2003 года в Баренцевом море в трех милях к северо-западу от острова Кильдин во время буксировки для утилизации затонула атомная подводная лодка Северного флота «К-159». На борту судна находились 10 членов экипажа, одного из них удалось спасти; позже были обнаружены тела еще двух человек. Официальной причиной гибели атомохода был назван шторм, в результате которого произошел отрыв четырех понтонов, во время буксировки удерживавших корабль на плаву. На АПЛ находились два реактора (накопленная активность порядка 200000 кюри). Ядерного боезапаса на борту не было.
21 ноября 2002 года возник пожар на атомной подводной лодке Тихоокеанского флота, базирующейся в заливе Стрелок. Пожар возник из-за неисправности нагревательного электроприбора, горели 4-й и 5-й отсеки. Лодка была выведена из боевого состава флота, ядерное оружие демонтировано, реактор был надежно блокирован. При пожаре никто не пострадал, ущерб окружающей среде нанесен не был.
6 ноября 2002 года в Атлантике в районе острова Скау британская подводная лодка «Трафальгар», принимавшая участие в военных маневрах, напоролась на камни и была вынуждена экстренно всплыть. На глубине около 50 метров «Трафальгар» с 130 членами экипажа на борту ощутила сильный удар от столкновения с подводной каменной грядой. В результате пострадали два члена экипажа. Корпус АПЛ получил повреждения, однако разгерметизации не произошло.
12 августа 2000 года в ходе проведения военно-морских учений Северного флота в Баренцевом море потерпела катастрофу российская атомная подводная лодка «Курск» (командир Геннадий Лячин). Субмарина была обнаружена 13 августа на глубине 108 метров. Весь экипаж в составе 118 человек погиб.
