В 1998 году Авеланж объявил о намерении уйти с поста президента, и Блаттеррассматривался как его преемник. Основным соперником Блаттера был глава УЕФА (европейского отделения ФИФА) Леннарт Йоханссон. По итогам голосованияБлаттер опередил шведа, но не набрал необходимых 2/3 голосов. Перед вторым туром Йоханссон взял самоотвод, позволив Блаттеру стать президентом.

　　Через год британский исследователь Дэвид Яллоп опубликовал книгу под названием «Как они украли игру». В ней публицист утверждал, что 20 топ-менеджеров ФИФА получили от неназванного ближневосточного правителя по $50 тыс. за поддержку кандидатуры Блаттера. Эксперты и сам Йоханссон призывали ФИФА начать внутреннее расследование, но Блаттер наотрез отказался от этой идеи.

　　В 2002 году генсек ФИФА Мишель Зен-Руффинен обвинил менеджеров организации и лично Блаттера в халатности и злоупотреблениях, которые привели к конфликту интересов и финансовому ущербу от банкротства маркетинговой фирмы ISL, чьим заказчиком была ФИФА. Президент ФИФА отверг обвинения, не нашла состава преступления и швейцарская прокуратура, в итоге Зен-Руффиненвынужден был покинуть свой пост. Восемь лет спустя он вновь выступил с разоблачениями, утверждая, что знает поименно коррупционеров в высшем руководстве ФИФА. Заявление прозвучало в преддверии голосования по выбору стран — хозяек чемпионатов мира 2018 и 2022 годов.

　　Последний крупный скандал в ФИФА случился в мае 2011 года, перед предыдущими выборами президента. Единственным соперником Блаттера в борьбе за этот пост был глава азиатской федерации AFC Мохаммед Бин Хаммам, однако за месяц до выборов комитет по этике ФИФА начал проверку его деятельности на предмет коррупции. Следствие установило, что Хаммам оказывал нелегальную поддержку членам Карибского футбольного союза. Его сообщником в этом был глава североамериканской федерации CONCACAF Джек Уорнер. Вскоре оба функционера были сняты со своих постов, а Хаммам фактически получил запрет на профессию. Параллельно Уорнер, арестованный сегодня в Швейцарии, подозревался в попытке продать голоса американской федерации англичанам перед голосованием по месту проведения чемпионата мира 2018 года.