В первую очередь, стремительно распространяются религиозно-экстремистские силы. Светские политические режимы на Среднем Востоке, в том числе в Сирии и Ливии, являются главными силами, которые подавляют религиозный экстремизм. Однако вмешательство западных стран стало причиной образования вакуума власти в этих государствах, предоставило возможность для распространения религиозно-экстремистских сил. В прошлом Сирия постоянно была связана с терроризмом, однако после начала беспорядков в 2011 году, иностранные религиозные боевики разными путями устремляются в Сирию. В Ливии такая же ситуация. До беспорядков 2011 года исчезла главная "Ливийская исламская боевая группа", однако политические беспорядки в стране вновь активизировали эту организацию, командующий Военным советом Триполи Абдель Белхадж и представитель военного комитета восточноливийского города Дерна Абдуль Карим аль-Хасади возглавили "Ливийскую исламскую боевую группу". Самовольное вмешательство США во внутреннюю политику стран Среднего Востока предоставило новые возможности развития для "Аль-Каиды". Расширение экстремистских сил вновь обострило нетрадиционные угрозы безопасности США.
Во-вторых, на Среднем Востоке набирает обороты политический ислам. "Азартная игра" США в продвижении демократической трансформации в определенной степени превратила политических исламистов в крупных выгодополучателей. Поскольку ценности политического ислама и Запада значительно отличаются, между сторонами исторически существуют противоречия, в связи с этим, "исламизация" политики на Среднем Востоке в той или иной степени означает постепенную потерю контроля США над ситуацией в регионе. Став президентом Египта, Мухаммед Мурси лично принял участие в Саммите Движения неприсоединения в Иране, а также поддержал Хамас в палестино-израильском конфликте, дав понять, что новый Египет постепенно отстраняется от США в своей внешней политике. Администрация Барака Обамы клялась улучшить отношения с мусульманским миром, однако антиамериканские настроения в арабских странах не ослабевают. Согласно результатам исследования американского центра изучения общественного мнения Pew Research Center в июне 2012 года, уровень поддержки США в нескольких основных мусульманских странах ниже показателя 2008 года, а в арабских государствах, которым помогают Штаты, антиамериканские настроения растут. Центр новой американской безопасности (Center for a New American Security) в своем докладе, опубликованном в июне 2012 года, отметил, что " дипломаты и военные США вместе с правителями и генералами нескольких арабских стран решили, что время активных действий Штатов на Среднем Востоке уже не вернуть".
11 сентября 2012 года в Бенгази был убит американский посол в Ливии, находившаяся в то время в должности госсекретаря США Хиллари Клинтон отмечала: "Как такое могло случиться в стране, которой мы помогаем, в городе, который мы пытаемся спасти от разрушений?" Ответы на эти вопросы, возможно, придется найти новому госсекретарю США Джону Керри.
