Кроме того, в Вильнюсе насчитывается свыше 50 разнообразных национальных и городских музеев. Достойны упоминания литовский художественный музей, в состав которого входит Вильнюсская картинная галерея, музей прикладного искусства, литовский национальный музей, с 1968 он действовал как литовский музей истории и этнографии, дом-музей Казиса Варнялиса, художника и коллекционера, государственный еврейский музей, музеи Вильнюсского университета и многие другие.