После вступления в должность генерального директора ВОЗ 1 января 2007 года М. Чэнь начала реформу данной организации, повысила руководящую роль и уровень управления ВОЗ в сфере глобального общественного здравоохранения, эффективно боролась с гриппом А/Эйч1-Эн1 и другими чрезвычайными ситуациями в сфере общественного здравоохранения, уделяла большое внимание всемирной работе по охране здоровья женщин и детей, поддерживала общественное здравоохранение в Африке, способствовала заключению рамочного соглашения по профилактике и контролю птичьего и сезонного гриппа, способствовала реализации Целей развития Тысячелетия ООН в сфере общественного здравоохранения. Эти успехи получили одобрение членов ВОЗ.