С 70-х годов прошлого века экология в районе заповедника начала нарушаться. Большие площади девственного леса были вырублены, что поставило под серьезную угрозу существование диких животных. Но, ухудшение экологической ситуации в районе Шэньнунцзя вызвало серьезное беспокойство у китайского правительства и специалистов. В марте 2000 года началась реализация проекта по защите естественного леса в заповеднике. Было строго запрещено вырубать лес. Прошло 7 лет и теперь площадь зеленого покрова в заповеднике составляет 88%, а непосредственно, в самом центре заповедника, этот показатель превысил 96%. Улучшение состояния экологии позволяет диким животным, обитающим в районе, жить в хороших условиях.