Большой урон музею был нанесен японскими захватчиками, которые оккупировали Пекин в годы второй мировой войны. В канун победы народной революции в 1949 году тогдашнее гоминьдановское правительстве успело вывезти часть коллекций Гугуна на Тайвань, где позднее, в 1965 году, в Тайбее был создан еще один музей под тем же названием - Гугун. Сейчас в пекинском Гугуне хранится более одного миллиона 300 тысяч экспонатов, а на Тайвване более 650 тысяч. Тайваньская коллекция также отличается огромным разнообразием и представляет большую ценность.
С первых дней создания КНР Гугуну всегда уделялось большое внимание. Он был одним из главных музеев китайской столицы. Таким остается и по сей день. В канун Олимпиады 2008 года здесь провели коренную реставрацию. Она шла на протяжении длогих восьми лет. Государство выделило миллионы долларов, были привлечены лушие реставраторы и специалисты других профессий. Например, камни для дорожек и реставрации стен Гугуна обрабатывали по старой технологии, были привезены деревья именно тех пород, которые использовались при строительстве Гугуна много сотен лет назад.